临床应用阿莫西林的不良反应发生率约为5～6%，因反应而停药者约2%。其主要不良反应有：1.过敏反应症状：可出现药物热、荨麻疹、皮疹和哮喘等，尤易发生于传染性单核细胞增多症患者，少见过敏性休克。

2.消化系统症状：多见腹泻、恶心、呕吐等症状，偶见假膜性结肠炎等胃肠道反应。

3.血液系统症状：偶见嗜酸粒细胞增多、白细胞减少、血小板减少、贫血等。

4.皮肤粘膜反应：偶见斑丘疹、渗出性多形性红斑、Lyell综合征、剥脱性皮炎。

5.肝、肾功能紊乱：少数患者用药后偶见血清氨基转移酶轻度升高、急性间质性肾炎。

6.其它：兴奋，焦虑，失眠，头晕以及行为异常等中枢神经系统症状。长期使用本药可出现由念珠菌或耐药菌引起的二重感染。

7.静脉注射量大时可见惊厥、嗜酸性粒细胞增多。

国家卫生部门规定，使用阿莫西林前必须进行青霉素皮肤试验，阳性反应者禁用。此外，青霉素钠、青霉素钾等也属青霉素类抗生素，使用前都必须做皮试。不方便做皮肤试验的可以先服用一粒的三分之一， 一小时后如无不良反应即可正常服用，如果感到不适尽快到医院就医。

对一种青霉素过敏者可能对其它青霉素过敏，也可能对青霉胺或头孢菌素过敏，用药必须做青霉素皮肤试验，阳性者禁用。

2.传染性单核细胞增多症、淋巴细胞性白血病、巨细胞病毒感染、淋巴瘤等患者禁用。

3.哮喘、湿疹、枯草热、荨麻疹等过敏性疾病史者；疱疹病毒感染者，尤其是传染性单核细胞增多症患者(可增强皮肤不良反应的危险性)；应慎用。

4.用含硫酸铜的片状试剂(R)、费林溶液测定尿糖时可能会导致假阳性反应；少数患者用药后可出现血清转氨酶升高、嗜酸粒细胞增多和白细胞减少。